與人類和其他哺乳動物疾病一樣，大熊貓疾病通常分內科病、外科病、產科病、傳染病和寄生蟲病。雖然經過長期的進化和環境改變，大熊貓已經從以肉食類食物逐步演變到今天的以植物性食物-竹子為主食的生理特點，但她在分類學上仍然屬於食肉目兇猛動物，擁有發達的咬肌、鋒利的牙齒、敏捷的爪子。別看她平時憨態可拘、溫文爾雅，一旦發起怒來是非常兇猛的和難以控制的。即便是患病的大熊貓，一般都無法接近，科學家們不得不首先通過麻醉讓她熟睡後才能夠完成對她的檢查、診斷和治療。因此，要想成為一名真正的大熊貓醫生，必須熟練掌握大熊貓的麻醉技術。
大熊貓的內科疾病主要表現在消化系統、呼吸系統、泌尿系統、神經系統、造血系統等。最常見的疾病有急性胃腸炎、慢性胃腸炎、感冒、肺炎等；對大熊貓生命安全最具有威脅的疾病主要包括：中暑、腸梗阻、腸鈕轉、腸套疊、急性胰腺炎、腎功能衰竭等。
大熊貓外科疾病最常見的外傷、骨折、顱腦損傷、腫瘤等，這些疾病都必須通過外科手術才能完成治療。但由於大熊貓會不停地抓扯傷口從而破壞傷口的癒合，因此，大熊貓外科疾病治療成功的關鍵在於手術後的護理。
大熊貓產科疾病主要包括：假孕、流產、難產、外陰水腫、子宮內膜炎、卵巢囊腫、輸卵管堵塞、不育症等。最常見的疾病主要有假孕、流產。大熊貓初生幼仔體重只占母體重量的1/1000，因為胎兒個體大小發生難產的可能性極小，最大的可能性通常都發生於母獸分娩時子宮收縮無力而出現產力性難產。到目前為止：全球範圍內僅報導了一例大熊貓的難產。該病例發生於2004年的成都大熊貓繁育研究基地大熊貓個體“二丫頭”（譜系號：401#）。當年，“二丫頭”在第1次破羊水後14小時一直未表現出陣縮和努責，專家們通過B超檢查發現胎兒一直停留在子宮內，最後通過中西藥聯合處理的保守治療方法，最後將死亡胎兒排出母體外，避免了一場外科手術的發生，最大限度地保護了大熊貓“二丫頭”。
大熊貓傳染病是一類對大熊貓種群健康和生命安全具有極大威脅的疾病。每當一種新型傳染病來臨而又完全被科學家認識以前，往往會防不勝防，會給整個大熊貓圈養種群造成非常嚴峻的損失甚至是毀滅性的打擊。就象人類傳染病SARS和禽流感剛來臨在全人類引起的恐慌一樣。在圈養大熊貓的歷史上，如上世紀八十年代因為搶救野外大熊貓而傳入圈養種群的由侵襲性大腸桿菌O152引起的出血性腸炎，2年內導致了近20只大熊貓死亡；輪狀病毒導致大熊貓斷奶幼獸頑固性腹瀉病和慢性營養不良綜合症、犬瘟熱病毒導致的熊貓瘟熱病、細小病毒導致的大熊貓病毒性腸炎等都曾給整個圈養種群造成過極大的傷害。
經過全世界科學家們的共同努力，目前在大熊貓已知傳染病的治療和預防上已經取得了重大突破。專家們已經成功地找到了諸如侵襲性大腸桿菌O152引起的大熊貓出血性腸炎、輪狀病毒感染導致的大熊貓斷奶幼獸頑固性腹瀉病和慢性營養不良綜合症等病的有效治療方法和預防措施，並已經篩選出專門用於大熊貓抗擊犬瘟熱病毒感染的預防疫苗。
從寄生蟲病的感染率和感染強度情況來看，圈養大熊貓與野外大熊貓存在著明顯不同。圈養條件下，大熊貓由於受到人類良好的醫療護理，寄生蟲病的感染率和感染強度往往很低，通常不會對生命安全構成嚴重威脅。但在野生條件下，大熊貓無法得到人類良好的醫療護理，寄生蟲病的感染率和感染強度都遠遠高於圈養大熊貓，並已成為野生大熊貓消瘦和發生死亡的主要病原。科學家研究發現：野外大熊貓蛔蟲感染率達到100%，有一只野外大熊貓感染蛔蟲數量達到1605條。
上世紀的80年代-90年代，成都大熊貓繁育研究基地一直致力於野外大熊貓的搶救工作，先後搶救治療野外生病大熊貓63只，治癒58只。這些大熊貓先後被送到國內外各大熊貓圈養單位，構成了目前全國圈養大熊貓種群的基礎。
在大熊貓疾病預防和控制領域，成都大熊貓繁育研究基地先後攻克的難題包括：
1、大熊貓出血性腸炎病（侵襲性大腸桿菌EIEC O152感染）防治技術；
2、圈養大熊貓寄生蟲病防治與淨化技術；
3、大熊貓慢性營養不良綜合症防治技術；
4、大熊貓病毒性心肌炎防治技術；
5、大熊貓斷奶幼獸急性頑固性腹瀉病（輪狀病毒感染）防治技術；
6、犬瘟熱弱毒疫苗對大熊貓抗犬瘟熱病毒感染的免疫保護效果評估；
7、犬細小病毒弱毒疫苗對大熊貓抗細小病毒感染的免疫保護效果評估；
8、犬副流感弱毒疫苗對大熊貓抗副流感病毒感染的免疫保護效果評估；
9、雪貂犬瘟熱重組疫苗對大熊貓種群的安全性評估；
10、大熊貓耐甲氧西林葡萄球菌性肺炎防治技術；
11、大熊貓牙髓炎根治技術；
12、大熊貓感染性血尿症病原檢定與防治；
13、大熊貓吸入麻醉與麻醉監護技術。
